柱溫是一個重要的操作參數，而且柱溫的變化對不同組分的影響程度不是等效的。若有兩類化合物在某一柱溫下不能分離，當柱溫改變20℃ ，就有可能*分離。柱溫主要影響分配系數、分配比、組分在流動相中的擴散系數和在固定相中的擴散系數，從而通過影響柱選擇性、柱效來影響分離度和分析時間。

選擇柱溫首先要考慮到每種固定液都有一定的使用溫度。柱溫不能高于固定液的高使用溫度，否則固定液揮發流失。

柱溫對組分分離的影響較大，提高柱溫使柱選擇性降低，不利于分離，所以從分離的角度考慮，宜采用較低的柱溫;但柱溫太低被測組分在兩相中的擴散速率大為減少，分配不能迅速達到平衡，峰形變寬而柱效下降，并延長分析時間。

柱溫選擇的原則是：在使難分離的組分有盡可能好的分離前提下，盡可能采取較低的柱溫，但以保留時間適宜，峰形不拖尾為度。具體操作條件的選擇應根據樣品的性質確定。

對于高沸點(300-400℃)化合物，受固定液使用溫度的限制，希望在較低的柱溫下分析，一般低于其沸點100-200℃ 。為了改善液相傳質速率，可用低固定液配比(1%-3%)的色譜柱，使液膜薄一些，液相傳質阻力小一些。這時柱容量較低，允許大進樣量將減小，因此應采用高靈敏度檢測器。對于沸點不太高(200-300℃)的混合物，可在中等柱溫下操作，柱溫比其平均沸點低100℃，固定液含量5%-10% 。對于沸點在100-200 ℃的混合 物，柱溫可選在其平均沸點的2/3左右處，固定液含量10%-15% 。對于氣體、氣態烴等低沸點混合物，柱溫選在其沸點或沸點以上，以便能在室溫或50℃以下分析;固定液含量一般在15%-25%。

對于沸點范圍較寬的試樣，宜采用程序升溫，即柱溫按預定的加熱速率，隨時間作線性或非線性的增加。升溫的速率一般常是呈線性的，即單位時間內溫度上升的速率是恒定的。在較低的初始溫度，沸點較低的組分(即早流出的峰)可以得到良好的分離。隨柱溫增加，較高沸點的組分也能較快地流出，并和低沸點組分一樣也能得到分離良好的尖峰。

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